MySQL数据库有多种存储引擎：比如：MyISAM、InnoDB、MERGE、MEMORY(HEAP)、BDB(BerkeleyDB)、EXAMPLE、FEDERATED、ARCHIVE、CSV、BLACKHOLE等等，最常见的也就是MyISAM和InnoDB了，下面主要讲解下MyISAM和InnoDB两种mysql数据库存储引擎的区别。
MyISAM引擎是一种非事务性的引擎，提供高速存储和检索，以及全文搜索能力，适合数据仓库等查询频繁的应用。MyISAM中，一个table实际保存为三个文件，.frm存储表定义，.MYD存储数据,.MYI存储索引。MyISAM在所有MySQL配置里被支持，它是默认的存储引擎，除非你配置MySQL默认使用另外一个引擎。
MySQL服务器中的其他非事务性存储引擎（如MyISAM）遵从不同的数据完整性范例，称之为“原子操作”。按照事务术语，MyISAM表总能高效地工作在AUTOCOMMIT=1模式下。原子操作通常能提供可比较的完整性以及更好的性能。与经过优化调整的最快的事务性表相比，它的速度快3～5倍。由于MySQL服务器支持两种范例，因而你能决定是否利用原子操作的速度更好地服务于你的应用程序，或使用事务特性。该选择可按表进行。
InnoDB则是一种支持事务的引擎。给MySQL提供了具有提交，回滚和崩溃恢复能力的事务安全（ACID兼容）存储引擎。所以的数据存储在一个或者多个数据文件中，支持类似于Oracle的锁机制。一般在OLTP应用中使用较广泛。如果没有指定InnoDB配置选项，MySQL将在MySQL数据目录下创建一个名为ibdata1的自动扩展数据文件，以及两个名为ib_logfile0和ib_logfile1的日志文件。
InnoDB锁定在行级并且也在SELECT语句提供一个Oracle风格一致的非锁定读。这些特色增加了多用户部署和性能。没有在InnoDB中扩大锁定的需要，因为在InnoDB中行级锁定适合非常小的空间。InnoDB也支持FOREIGN KEY强制。在SQL查询中，你可以自由地将InnoDB类型的表与其它MySQL的表的类型混合起来，甚至在同一个查询中也可以混合。
InnoDB是为处理巨大数据量时的最大性能设计。它的CPU效率可能是任何其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能匹敌的。InnoDB存储引擎被完全与MySQL服务器整合，InnoDB存储引擎为在主内存中缓存数据和索引而维持它自己的缓冲池。
InnoDB存储它的表＆索引在一个表空间中，表空间可以包含数个文件。InnoDB表可以是任何尺寸，即使在文件尺寸被限制为2GB的操作系统上。InnoDB也默认被包括在所有MySQL 5.1二进制分发版里。